Penyelenggaraan urusan Pemerintahan Daerah Kabupaten Fakfak mempunyai perangkat daerah yaitu distrik dan kelurahan serta pemerintahan kampung.Kabupaten Fakfak memiliki 17 distrik definitif terbagi menjadi 7 kelurahan dan 142 kampung.

Pemekaran ini sesuai dengan perda Nomor 4 Tahun 2012 sebagai upaya pelayanan dan pendekatan pemerintahan. Kondisi saat ini hampir seluruhnya memiliki perangkat aparatur yang definitif baik di tingkat distrik, kelurahan maupun kampung.